《寶可夢：皮卡丘與可可的冒險》故事描述，在遠離塵世的深處，有一處名為奥可雅森林的地方被嚴密的規矩守護著，是寶可夢們的樂園。一群頑固的寶可夢薩戳德在森林裡結群而生。某天，它們在河邊發現了一名被遺棄的人類的孩子。

有隻薩戳德因於心不忍，違反森林的規矩私自給孩子取名為「可可」，離開原本族群帶著可可一起生活。薩戳德養育可可的日子在不知不覺間過了 10 年。可可在奧可雅森林裡邂逅了前來冒險的小智及皮卡丘。

可可第一次交到了人類朋友，不禁對自己到底是不是寶可夢產生了一絲懷疑。「爸爸，我真的是寶可夢嗎？」自己究竟是寶可夢？還是人類？可可為此終日煩惱著。

突然有一天，一群不速之客的腳步聲打破了森林裡平靜的每一天…